سرطان معده[1] یکی از شایع‌ترین بدخیمی‌های دستگاه گوارش و از علل اصلی مرگ‌ومیر ناشی از سرطان در جهان محسوب می‌شود. محدودیت‌های درمان‌های رایج از جمله سمیت سیستمیک و بروز مقاومت دارویی، ضرورت توسعه راهکارهای نوین درمانی را برجسته ساخته است. در این مطالعه، نانوذرات لیپیدی جامد (SLN)به‌عنوان یک سامانه دارورسانی نوین برای بیوفلاونوئید لوتئولین طراحی و اثرات ضدسرطانی آن بر رده سلولی سرطان معده انسانی (AGS) مورد بررسی قرار گرفت. نانوذرات SLN و SLN بارگذاری‌شده با لوتئولین تهیه و از نظر ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی شامل اندازه ذره، شاخص چندپراکندگی، پتانسیل زتا و مورفولوژی ارزیابی شدند. همچنین رفتار رهایش دارو در شرایط درون‌کشتگاهی[2] و در pHهای مختلف بررسی گردید. اثرات زیستی فرمولاسیون‌ها با استفاده از آزمون MTT، سنجش گونه‌های فعال اکسیژن (ROS) ، ارزیابی کیفی و کمی آپوپتوز و آنالیز چرخه سلولی بر روی سلول‌های AGS مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج نشان داد نانوذرات SLN بارگذاری‌شده با لوتئولین از پایداری مناسب و اندازه نانومتری یکنواخت(میانگین اندازه هیدرودینامیکی نانوذرات لیپیدی جامد(SLN) بدون دارو 5/151 نانومتر ونانوذرات   LN بارگذاری شده با داروی لوتئولین 4/272 نانومتر)   برخوردار بوده و الگوی رهایش کنترل‌شده و وابسته به pH از خود نشان دادند. نانوذرات SLN فاقد دارو سمیت ذاتی قابل‌توجهی نداشتند، در حالی که SLN–Luteolin   در مقایسه با لوتئولین آزاد موجب کاهش معنی‌دار زنده‌مانی سلولی، افزایش کنترل‌شده تولید   ROS، القای موثرتر آپوپتوز و اختلال در چرخه سلولی، به‌ویژه توقف در فاز S شدند. در مجموع، نتایج این پژوهش بیانگر پتانسیل بالای نانوذرات لیپیدی جامد بارگذاری‌شده با لوتئولین به‌عنوان یک سامانه دارورسانی کارآمد در بهبود اثربخشی درمان سرطان معده است. واژگان کلیدی: سرطان معده، لوتئولین، نانوذرات لیپیدی جامد، آپوپتوز، چرخه سلولی [1] Gastric cancer [2] In Vitro   

 چکیده

   استرس اکسیداتیو نشانگر عدم تعادل بین تولید و ظهور انواع رادیکال های آزاد اکسیژن و توانایی سیستم بیولوژیک برای سم زدایی و یا ترمیم آثار مخرب آنها است. با توجه به اینکه بافت مغز دارای سیستم آنتی اکسیدانی بسیار ضعیفی نسبت به بقیه بافت های بدن است و همچنین به دلیل مصرف اکسیژن بالا و دارا بودن اسید های چرب غیر اشباع فراوان، بافت مغز به شدت در معرض آسیب های اکسیداتیو قرار می گیرد. آسیب کبدی کلستاتیک می تواند در نتیجه پاسخ به انواع مختلف بیماریها یا ترکیبات مخرب زیستی ایجاد شود. به طور کلی اسید های صفراوی از عمده ترین ترکیباتی هستند که در بروز آسیب ارگان ها در شرایط انسداد مجاری صفراوی نقش ایفا می کند. مطالعات نشان داده اند که بیماری های کبدی می توانند بر عملکرد مغز تاثیر بگذارند. بسیاری از مطالعات بر روی سلول‌های مغز موش کشت‌شده و مدل‌های حیوانی HE نقش مهمی از استرس اکسیداتیو را در پاتوژنز HE نشان داد.   بسیاری از مطالعات بر روی سلول‌های مغز موش کشت‌شده و مدل‌های حیوانی نقش مهمی از استرس اکسیداتیو را در بیماری زایی نشان داد. برخی از ترکیبات موجود در زنجبیل بخصوص جینجرول ها، با زدودن رادیکال های آزاد، دارای خاصیت آنتی اکسیدانی قوی می باشند. پس بنابراین در این مطالعه قصد داریم به بررسی اثرات محافظتی عصاره متانولی زنجبیل بر آسیب اکسیداتیو در مغز ایجاد شده ناشی از کلستازیس کبدی در موش های صحرایی نر پرداخته ایم.

  گیاه

سرطان پستان شایع‌ترین بدخیمی در زنان است، که می‌تواند به دلایل مختلفی از جمله   تغییرات هورمونی، ژنتیکی و عوامل محیطی ایجاد شود. در این سرطان، اختلالات در مسیرهای سیگنالینگ یا نقص‌ در مسیرهای ترمیم DNA می‌تواند، به رشد و پیشرفت تومور منجر شود. شناخت زیست شناسی مولکولی سرطان سینه، در تشخیص، شخصی‌سازی درمان و توسعه روش‌های درمانی کمک کننده است. یکی از ویژگی‌های اکثر تومورهای جامد، هایپوکسی است. به طورکلی، سلول‌ها به شرایط هایپوکسی با واکنش‌های سلولی و مولکولی متفاوتی پاسخ می‌دهند، که به تنظیم متابولیسم، تولید انرژی و بقای سلول‌ها در شرایط کم اکسیژن کمک می‌کنند. microRNAs (miRNAs)، مولکول‌های کوچک و غیرکدکننده‌ی پروتئین، هستند که نقش مهمی در مکانیسم‌های بیولوژیکی مانند آپاپتوز، تمایز سلولی، تکثیر و پاسخ به استرس‌ها از جمله هایپوکسی دارند. در شرایط هایپوکسی، برخی از miRNA می‌توانند به عنوان مهارکننده ‌یا فعال‌کننده‌های بیان ژنی عمل کنند. در مطالعات آزمایشگاهی، کلرید کبالت (CoCl2) برای القای شرایط هایپوکسی در سلول‌ها استفاده می‌شود. در مطالعه حاضر اثر هایپوکسی ناشی از کلرید کبالت (II) بر بیان ژن‌‌های ANO9، SIRT1 و PLK4 و همچنین miRNAs هدف آن‌ها در سلول‌های سرطانی سینه رده‌ی MCF7، بررسی شد. ابتدا با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی مختلف، مانند Targetscan، miRDB و miRBase، miRNAs هدف گیرنده‌ی ژن‌های مورد بررسی از نظر امتیاز‌دهی، مناسب بودن جایگاه اتصال و هم‌پوشانی در نرم‌افزارهای دیگر مورد ارزیابی قرار گرفتند. در نهایت hsa-miR-6789-3P، hsa-miR-154-3p و hsa-miR-3065-5p به ترتیب به عنوان miRNAs هدف گیرنده‌ی ژن‌‌های ANO9، SIRT1 و PLK4 انتخاب شدند. همچنین در این مطالعه، رده‌ی سلولی سرطانی سینه MCF7 در شرایط مناسب کشت داده شد و با غلظت‌های (75، 150 و 200) میکرومولار از کلرید کبالت (II) تیمار   شدند. پس از استخراج RNA و miRNA، از نمونه‌ها cDNA سنتز شد. در نهایت به منظور بررسی تغییرات بیان ژن‌‌ها و miRNAs هدف گیرنده‌ی آن‌ها از روش Real-time PCR استفاده گردید. پس از آن نتایج، با روش لیواک آنالیز و با نرم‌افزار Graphpad prism تحلیل گردید. نتایج نشان داد که ژن ANO9 در هر سه غلظت به صورت معنی‌دار افزایش بیان داشته است، اما این افزایش در غلظت 150 میکرومولار کلرید کبالت (II)   نسبت به غلظت‌های 75 و 200 میکرومولار بیشتر بوده است. این در حالی است که بیان hsa-miR-6789-3P به عنوان miRNA هدف گیرنده‌ی ژن ANO9 با افزایش غلظت کلرید کبالت (II)، به مراتب کاهش یافته است. نتایج حاصل از بررسی بیان ژن SIRT1 نشان داد که با افزایش غلظت کلرید کبالت (II) از 75 به 150 میکرومولار، بیان این ژن ابتدا افزایش معنی‌دار، سپس با افزایش غلظت به 150 میکرومولار، این افزایش بیان به نسبت کمتری مشاهده شده است. ودر غلظت 200 میکرومولار، بیان ژن به صورت معنی‌دار کاهش یافته است، در مقابل بیان hsa-miR-154-3p در دو غلظت 150 و 200 میکرومولار افزایش بیان معنی‌دار داشته است. همچنین hsa-miR-3065-5p با افزایش غلظت ماده کلرید کبالت (II) کاهش می‌یابد. علیرغم اینکه بیان ژن PLK4 به عنوان ژن مورد هدف آن به دلیل عدم اختصاصیت باند و کسب نتایج مطلوب حذف گردید.   

   سلول‌های سرطانی به دلیل تکثیر بیش‌ازحد، مقادیر زیادی گلوکز مصرف می‌کنند. تومورها مسیر گلیکولیز را با سرعت بالایی انجام می‌دهند که منجر به افزایش غلظت لاکتات می‌شود. ریز محیط تومور شامل دو نوع سلول سرطانی است: سلول‌های گلیکولیزی و اکسایشی. سلول‌های گلیکولیزی لاکتات تولید می‌کنند که توسط سلول‌های اکسایشی جذب‌ می‌شود و در چرخه کربس به پیروات تبدیل می‌شود. این‌ یک همزیستی متابولیک بین دو نوع سلول ایجاد می‌کند. خانواده ناقل مونوکربوکسیلات   (MCTs)   از 14 عضو تشکیل‏شده است که MCT1-4 ناقل‌های جفت شده با پروتون هستند که می‌توانند مونوکربوکسیلات‏های کوتاه‌زنجیر مانند لاکتات و پیرووات را در سراسر غشای سلولی منتقل کند. سلول‌های سرطانی بیان بالایی از MCT1 و MCT4   را نشان می‌دهند. MCT1 ورود لاکتات به سلول‌های اکسایشی را تسهیل می‌کند، درحالی‌که MCT4 عمدتاً در سلول‌های گلیکولیزی یافت می‌شود. بیان بیش‌ازحد این ناقلان با بدخیمی‌های مختلف مانند سرطان سینه، معده، لنفوم، مغز، ریه، پوست و سرطان بافت نرم همراه بوده و آن‌ها را به اهداف جذابی برای کشف داروهای ضد سرطان تبدیل می‌کند. با مهار MCT1، می‌توان جذب لاکتات توسط سلول‌های اکسایشی را متوقف کرد که سپس آن‌ها را مجبور به جذب گلوکز می‌کند. این فرآیند دسترسی سلول‌های گلیکولیزی را به گلوکز کاهش می‌دهد و درنهایت منجر به مرگ سلولی می‌شود. برای این پژوهش، از تکنیک‌های غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار برای کشف ترکیبات شیمیایی کوچکی که قادر به مهار ناقل مونوکربوکسیلات 1 هستند استفاده شد. مختصات اتمی پروتئین MCT1 در ساختار باز به داخل از پایگاه داده پروتئین با کد 7CKO تهیه شد و از کتابخانه‌ای از ترکیبات شیمیایی شامل دوازده میلیون مولکول قابل خرید از پایگاه داده زینک و 4683 دارو تایید شده توسط FDA استفاده شد. پس از آماده‌سازی کتابخانه، یک رویکرد توافقی با انجام داکینگ مولکولی با سه برنامه AutoDock Vina،Molegro Virtual Docker و DOCK به‌کار‌گرفته شد. لیگاندهای با انرژی اتصال بالا مورد تجزیه و تحلیل بیشتر قرار گرفتند و میانکنش آنها با باقی مانده‌های کلیدی جایگاه فعال پروتئین بررسی شد. ترکیباتی که نتایج امیدوارکننده‌ای را نشان دادند، تحت آنالیز دینامیک مولکولی، ازجمله محاسبات RMSD، RMSF و تجزیه‌وتحلیل برهم‌کنش‌های لیگاند-پروتئین قرار گرفتند. بر اساس یافته‌ها، مشخص شد که اناسیدنیب به عنوان داروی خوراکی که برای درمان لوسمی حاد میلوئیدی استفاده می‌شود، می‌تواند با باقیمانده‌های مهمی مانند Tyr34، Lys38   و Ser154 که در محل اتصال لاکتات یافت می‌شوند، اتصال قوی ایجاد کند. درنتیجه، این پتانسیل را دارد که به‌طور موثر پروتئین موردنظر را مهار کند.

  شهرستان قصر شیرین با توجه شرایط آب و هوایی گرم و خشک دارای موقعیت اکولوژیکی خاص خود، می باشد تحت تاثیر سه ناحیه جغرافیای گیاهی ایران - توران، صحرا – عربی و مدیترانهای قرار دارد. این منطقه با توجه به نکته فوق، تاکسون های خاصی با این شرایط سازگار شده اند. همچنین وزیدن بادهای که از سمت کشور عراق وارد این منطقه میشود، اتمسفر این منطقه را تحت تاثیر قرار میدهد. هدف از این بررسی، مطالعه گردههای آلرژیزا و ذرات شناور در هوا بود. در منطقه فوق، به روش دورهام، گردههای موجود در هوا بررسی گردید که بیشترین تنوع گردهای مربوط به گیاهان تیره های تاجخروسیان، کاسنی، گندمیان بود و نیز گردههای گیاهان دستکاشت زراعی و تزئینی همچون کاج در منطقه پراکندگی داشتند. عالوه براین ذراتی با منشا زیستی از جمله تکههای سبک قسمت¬های مختلف گیاهی مثل کرک¬ها و قطعات بافت بشره، برگ و گل، دانه¬ها و میوه¬های بال¬دار ریز، همچنین قطعات و یا هاگ قارچ-ها، باکتری¬ها و ویروس¬ها در سطح الم مشاهده گردید. تعداد ?? نمونه از گیاهان مهم منطقه جمع آوری و سپس به هرباریوم دانشگاه رازی منتقل و شناسایی گردیدند که جهت بررسی گردهها بهکمک میکروسکوپ نوری )LM )از روش »استولیز ارتمن« استفاده شد. این بررسی ها شامل اندازه ابعاد محور قطبی و استوایی، شکل، وضعیت دریچه و تزئینات سطحی دانههای گرده بود و نشان داد که دانههای گرده مورد بررسی از لحاظ اندازه شامل: کوچک، متوسط، بزرگ وخیلی بزرگ بودند برای مثال بزرگترین دانه گرده نوعی طوسک ).sp Scabiosa )از تیره آقطی یا پیچ امین الدوله )Dipsacaceae) وکوچکترین مربوط به برخی از گیاهان تیره شب بو وگل گاوزبان است. این گردهها از لحاظ دریچه )شیارها و منافذ( شامل: تکمنفذی، سهمنفذی، پر منفذ، سه شیاره ساده، سه شیاره مرکب و پرشیار بودند. همچنین از لحاظ تزئینات سطحی با استفاده از میکروسکوپ نوری به صورت: موجدار، خاردار، خاردار- سوراخدار، خادار ریز، خاردار ریز-سوراخدار، خاردار درشت، خاردار درشت-سوراخدار، صاف، صاف-زگیلدار و مشبک مشاهده گردیدند. کلمات کلیدی: اتمسفر، گردههای آلرژیزا، روش استولیز، روش دورهام، استان کرمانشاه

   در ریزمحیط تومور، تفاوت در دسترسی سلول‌های سرطانی به مواد مغذی و اکسیژن، متابولیسم سلولی را تغییر می‌دهد. سلول‌های سرطانی هیپوکسیک برای بقا و تکثیر به متابولیسم گلیکولیزی روی می‌آورند و مقادیر زیادی لاکتات تولید می‌کنند که باید به خارج از سلول منتقل شود. طی یک همزیستی متابولیک، سلول‌های سرطانی اکسیداتیو لاکتات اضافی را وارد می‌کنند و از آن به عنوان سوخت ترجیحی به جای گلوکز استفاده می‌کنند. انتقال لاکتات توسط ناقلین غشایی منوکربوکسیلات (MCTs) متعلق به خانواده ژنی حامل املاح-??، تسهیل می‌شودکه یک فرآیند وابسته به پروتون است و در تنظیم pH داخل سلولی نقش دارد. خروج لاکتات از سلول عمدتاً توسط MCT4 تسهیل می شود، در حالی که MCT1 واسطه جذب درون سلولی آن است. نشان داده شده است که بیان بیش از حد این انتقال دهنده‌ها با انواع بدخیمی‌ها از جمله سرطان سینه، معده، لنفوم، مغز، ریه، پوست و سرطان بافت نرم مرتبط است و هدف قرار دادن آنها می‌تواند یک درمان بالقوه برای برخی انواع سرطان‌ باشد. در این مطالعه ما از تکنیک‌های مختلف غربالگری مجازی شامل مدل‌سازی فارماکوفور، داکینگ مولکولی و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی برای شناسایی کاندید‌های دارویی موثر و بالقوه علیه MCT1 انسانی استفاده کردیم. مختصات اتمی پروتئین در کانفورماسیون باز رو به بیرون از بانک داده پروتئین با کد 6LYY دانلود و کتابخانه ترکیبات شیمیایی شامل ?? میلیون مولکول قابل خرید از پایگاه داده ZINC و ???? داروی مورد تایید FDA ساخته شد. پس از انجام مراحل آماده‌سازی، محاسبات داکینگ مولکولی طبق یک رویکرد توافقی با استفاده از برنامه‌های اتوداک وینا، مولگرو و DOCK انجام شد. لیگاندهای با انرژی اتصال بالا در مراحل متوالی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند و میانکنش آنها با باقی مانده‌های کلیدی جایگاه فعال پروتئین مورد بررسی قرار گرفت. در نهایت، هفت لیگاند که نتایج‌امیدوارکننده‏ای را نشان دادند برای مطالعه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی انتخاب شدند. برای هر کمپلکس پروتئین-لیگاند در دو لایه غشایی، محاسبات RMSD ستون فقرات پروتئین، RMSD لیگاند، RMSF، و تجزیه و تحلیل برهمکنش‌ها انجام شد. نتایج نشان داد که المزارتان، یک مهارکننده گیرنده آنژیوتانسین II، با اتصالی قوی و پایدار می‌تواند اثر بازدارنده بر MCT1 انسانی داشته باشد و راه را برای مهار این انتقال دهنده هموار کند. از آنجایی که این مطالعه صرفاً مبتنی بر ابزار‌های محاسباتی است،   ارزیابی بیشتر در شرایط تجربی برای تایید اثربخشی آن ضروری است.

در این پژوهش، از خانواده‌های، Agamidae، Lacertidae، Scincidae، Geckonidae، گونه‌های Laudakia nupta،Lacerta media، Hermites auratua، Cyrtopodion scabrum، جهت بررسی مورفولوژی و هیستولوژی پوست و ضمائم آن، انتخاب شد، نمونه‌ها از موزه‌ی جانور‌شناسی دانشگاه رازی تهیه شدند، سپس نمونه‌ها تشریح و برش‌هایی از بافت پوست در سطح   پشتی و شکمی و منافذ ‌رانی و منافذ ‌پیش مخرجی آن‌ها جدا شده و پس از انجام مراحل پاساژ بافتی، اسلاید‌های تهیه شده رنگ‌آمیزی شدند و در زیر میکروسکوپ نوری مورد مطالعه قرار گرفتند، یافته‌های حاصل از مشاهدات میکروسکوپی ساختار پوست گونه‌های مورد بررسی، نشان داد که تمامی گونه‌ها از سطح به عمق دارای لایه‌ی شاخی (لایه کراتینوسیت)، لایه اپیدرم، لایه درم و لایه هیپودرم هستند که ضخامت لایه اپیدرم در Laudakia nupta از   Lacerta media، Cyrtopodion scabrum و Hermites aurata بیشتر است، ضخامت لایه درم در Lacerta media و Hermites aurata از ضخامت درم در L. nupta و C. scabrum بیشتر است، اما لایه درم در C. scabrum توسعه یافته تر است و دارای سلول‌های چربی بیشتری می‌باشد، لایه هیپودرم در منافذ رانی L. media   و منافذ‌پیش‌مخرجی و سطح پشتی C. scabrum توسعه یافته و دارای سلول‌های چربی فراوان هستند، در سطح پشتی H. auratua   برخلاف سه گونه‌ی دیگر، رنگدانه ملانین درون هیپودرم قرار دارد و در سطح شکمی در لایه هیپودرم صفحات غضروفی و بافت عضلانی و بافت اسکلتی قرار دارد. به‌طورکلی می‌توان نتیجه گرفت که ضخامت لایه‌های مختلف پوست با محیط زندگی سوسمار مرتبط می‌باشد، به‌این صورت که داشتن اپیدرم ضخیم (L. nupta) می‌تواند به محیط زندگی سخت و خشک و داشتن اپیدرم نازک و درم ضخیم L. media) و H. auratua) به محیط معتدل و کوهپایه‌ای مربوط ‌شود. تعداد فراوان سلول‌های چربی (C. scabrum) در برخی گونه‌ها عاملی برای عایق کردن بدن و منبع انرژی می‌باشد.  

جکوی سنگی تیغه‌دار (Cyrtopodion scabrum Heyden 1827) سوسماری است است که به طور وسیع در جنوب غربی قار? آسیا و شمال آفریقا پراکندگی دارد. در ایران این گونه به وفور در بیشتر نقاط کشور وجود دارد و معمولاً به عنوان مارمولک خانگی شناخته می‌شود. در این تحقیق تعداد 58 نمونه جکوی سنگی تیغه‌دار از خرداد 1396 لغایت شهریور 1397 از ایستگاه‌های مختلف ایران با دست جمع‌آوری گردید. پس از تهیه عکس، نمونه‌ها در الکل 75 درصد تثبیت و با استفاده ازمنابع معتبر شناسایی شدند. تعداد 10 صفت مورفومتریک و مریستیک از کلیه نمونه‌ها اندازه‌گیری شد. جنسیت نمونه‌های بالغ با مشاهده منافذ پیش‌مخرجی در نرها و عدم وجود آن در ماده‌ها تعیین گردید. به منظور بررسی دوشکلی جنسی آنالیز مستقل T-test و برای بررسی تفاوت بین جمعیت‌های مختلف از آنالیز مولفه‌های اصلی PCA استفاده شد، تمامی آنالیزها در نرم افزار    v.16 انجام شد. از سوی دیگر، مقایسه جمجمه گونه‌های C. scabrum و C. caspium انجام شد. نتایج نشان می‌دهد که طبق آمار توصیفی در اکثر صفات نرها بزرگتر از ماده‌ها می‌باشند، و آنالیز مستقل T- test نشان می‌دهد که صفت طول دم به طور معنی‌داری در نرها بزرگتر از ماده‌ها می‌باشد. جمعیت‌ها کاملاً همگن می‌باشند. و از نظر مقایسه جمجمه نیز طول جمجمه گونه C. caspium بزرگتر از C. scabrum می‌باشد. واژگان کلیدی: خزندگان، جکونیده، دوشکلی جنسی و جمجمه  

  آرژنین یک اسیدآمینهی نیمه ضروری است که در بسیاری از مسیرهای متابولیکی از قبیل سنتز نیتریک اکسید، کراتین و اوره شرکت میکند. در دسترس بودن آرژنین بهوسیله یک سری ناقلین غشای پلاسمایی به نام ناقلهای آمینو اسیدهای کاتیونی (CAT) تعیین میشود، که در بسیاری از سرطانها از جمله لوسمی حاد میلوییدی (AML) که یکی از رایجترین سرطانهای خون در بزرگسالان و کودکان است دچار بیشبیان میشوند. بنابراین، این ناقلین به عنوان یک هدف بالقوه در اهداف درمانی و دارویی مدنظر قرار گرفته اند. در پژوهش حاضر، مکانیسم انتقال لیگاند آرژنین از CAT1 و اسیدآمینههای مهم درگیر در این انتقال با استفاده از تکنیک‌های شبیهسازی دینامیک مولکولی بررسی میشوند. به این منظور، پروتئین CAT1 پروکاریوتی (p-CAT) با کد PDB برابر با 6F34 از بانک اطلاعات پروتئین (PDB) دریافت شد. به دلیل اینکه ساختار CAT1 یوکاریوتی (e-CAT) تاکنون تعیین نشده است، پروتئین e-CAT با استفاده از نرمافزار MODELLER9.20 از روی CAT پروکاریوتی بهعنوان الگو مدل‌سازی شد. پس از آن، به علت آنکه پروتئین‌های CAT ناقل‌های غشایی میباشند، این پروتئینها با استفاده از سرور CHARMM-GUI در غشایی با ترکیبات دلخواه قرار داده شدند. سپس شبیه سازی دینامیک مولکولی به مدت 300 نانوثانیه برای هرکدام از سیستمها اجرا شد. در مرحلهی بعد، لیگاند آرژنین با استفاده از AutoDock VINA علیه هر دو سیستم بهتعادل رسیده داک شد و شبیه سازی دینامیک مولکولی به مدت 600 نانوثانیه برای هر سیستم اجرا شد. جهت محاسبهی انرژی آزاد اتصال لیگاند آرژنین، آنالیز MM/  A برروی تراژکتوری هر دو سیستم p-CAT و e-CAT اعمال شد. بهمنظور تعیین سهم هر ریشهی آمینواسیدی در انرژی اتصال، آنالیز انرژی اتصال به ازای هر رزیدو انجام گرفت. در کمپلکس p-CAT/Arg، ریشههای Ile40، Thr43، Asp111، Glu115، Lys191، Phe231، Ile234 و Asp237 بیشترین سهم را در اتصال به لیگاند آرژنین داشتند و پیوندهای هیدروژنی پایداری با آرژنین تشکیل میدادند. در کمپلکس e-CAT/Arg، ریشههای Ser44، Ala130، Tyr264، Val267، Asp270، Gly353، Ser353 و Arg360 به عنوان اسیدآمینههای کلیدی در اتصال به آرژنین نقش داشتند. بهمنظور ارزیابی فرآیندهای انتقال از درون ناقلین p-CAT و e-CATو همچنین مطالعه دقیق‌تر نقش آمینو اسیدهای درگیر در فرآیند انتقال، روش نمونه‌برداری چتری استفاده شد. آنالیزهای پیوند هیدروژنی نشان داد که رزیدوهای Asp237، GLU115، Ser321، Glu245 و Lys19 در سیستم p-CAT و رزیدوهای Asp270، Glu185، Ser22، Asp20 و Arg27 در سیستم e-CAT، کلیدیترین آمینواسیدهای میانکنشکننده با آرژنین در حین عبور هستند. جهت بررسی اثرلیپیدهای غشایی بر ساختار p-CAT و e-CAT، آنالیزهای غشایی از قبیل میانکش بین لیپید و پروتئین، ارزیابی پارامتر نظم، ضخامت غشا و... برای هر دو سیستم انجام شد و نتایج نشان دادند که لوپهای پروتئینی بهدلیل برهمکنش با لیپیدها دچار کاهش انعطافپذیری شده اند. همچنین، در غشای یوکاریوتی بهدلیل خاصیت نظمدهنده کلسترول پارامتر نظم و ضخامت غشا هم بیشتر میباشد. کلمات کلیدی: آرژنین، پروتئین CAT1، شبیهسازی دینامیک مولکولی، نمونهبرداری چتری

   مقدمه تجمع تغییرات ژنتیکی و اپی ژنتیکی در سلول­های اپی­تلیال جدار روده آن­ها را به سلول­های آدنوکارسینومای بدخیم تبدیل می کند . در سرطان کولورکتال تغییرات اپی­ژنتیکی همچون متیلاسیون DNA در جزایر CpG ژن­ها به میزان بالایی رخ می­دهد. مطالعات اپی­ژنتیکی در خصوص تعدادی از ژن­ها مشخص نموده است که در سرطان کولورکتال متیلاسیون ناحیه پروموتر ژن­ها باعث خاموشی بیان این ژنها می­شود.در این مطالعه به بررسی میزان متیلاسیون DNA ناحیه پروموتری ژن ITGA4     در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال و افراد سالم پرداخته شده است. مواد و روش­ها در این مطالعه میزان متیلاسیون ناحیه پروموتری ژن ITGA4 در نمونه بافتی توموری و بافت سالم مجاور 30 بیمار مبتلا به سرطان کولورکتال و همچنین نمونه مدفوع 30 بیمار مبتلا به سرطان کولورکتال و 30 فرد نرمال اندازه­گیری شده است. DNA استخراج شده از نمونه­ها پس از مجاورت با بی­سولفیت سدیم، به روش MethyLightPCR با بهره­گیری از دو پرایمر و یک پروب TaqMan که به­طور اختصاصی برایDNA کاملاً متیله ناحیه پروموتری ژن ITGA4   طراحی شده بود، و با استفاده از توالی رفرانس جهت نرمالایز کردن DNA اولیه مورد آزمایش قرار گرفت و سپس با استفاده از فرمول [(ITGA4/ALU-C4)sample /(ITGA4/ALU-C4) positive control]x100 درصد متیلاسیون رفرانس(PMR)[1] ژن مورد مطالعه در تمام نمونه­ها به­طور مشابه با مطالعات قبلی محاسبه شد و در نهایت با استفاده از نرم افزار    v24 آنالیز آماری صورت گرفت. یافته­ها *** نتایج این مطالعه نشان داد که میانه PMR بین نمونه­های بافتی توموری و نرمال بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال و همچنین بین نمونه­های مدفوع بیماران و افراد سالم دارای اختلاف معنی­دار بود. (PValue<0.001). میانه   MR مربوط به ژن ITGA4   در نمونه­های بافت توموری 8/36 و در نمونه­های بافتی نرمال 10 بود. میانه PMR در نمونه­های مدفوع توموری 54/2و در نمونه­های مدفوع نرمال 01 /0 بود .   حساسیت و ویژگی در نمونه­های بافتی به­ترتیب 63% و 63% و در نمونه­های مدفوع به ترتیب 57%و 100% بود. نتیجه­گیری سنجش   DNAمتیله ناحیه پروموتر ژن ITGA4 در نمونه­های مدفوع با استفاده از روش MethLight PCR از حساسیت و ویژگی مناسبی به­عنوان یک روش غیرتهاجمی برای تشخیص سرطان کولورکتال برخوردار می­باشد. این پژوهش اولین گزارشی   است که درایران درخصوص بررسی متیلاسیون ژن ITGA4 درنمونه­های مدفوع در سرطان کولورکتال ارائه می  گردد .

   سرطان معده یک بیماری تهاجمی و یکی از علل مرگ‌ومیر ناشی از سرطان در جهان می‌باشد که حاصل انباشت عوامل محیطی و تغییرات ژنتیکی است. با وجود بروز فناوری‌های نگهداری مواد غذایی، دسترسیبه میوه و سبزی‌های تازه و پیشگیری بهتر، سرطان معده همچنان به‌ عنوان سومین علت مرگ‌ومیرناشی از سرطان در جهان شناخته می‌شود. رویکردهای سنتی برای درمان سرطان معده شامل جراحی،نشان می‌دهندکه این معایب سبب ایجاد رویکردهای درمانی جدید شده است. جایگزینی داروپرتو درمانی و شیمی ‌درمانی است که مقاومت دارویی و عود مجدد بیماری را بعد از یک مدتبا عنوان استفاده از داروهای کشف ‌شده برای کاربردهای جدید، یک استراتژی درمانی برایکاهش زمان و هزینه¬ها می‌باشد. با توجه به بیان گیرنده‌های استروژنی در سلول‌های سرطانی معده و همچنین ارتباط استروژنبا سرطان¬زایی، در این آزمایش از داروی آنتی استروژنی تاموکسیفن به‌ عنوان یک مهارکننده‌ی گیرنده‌هایاستروژنی استفاده شد. در این تحقیق تغییر بیان ژن CT  1 به‌ عنوان یکی از ژن‌های مهم مسیر سیگنالینگ Wnt/بتا-کاتنین در سلول¬های سرطانی معده، رده‌ی MKN-45 اندازه‌گیری شد. سلول¬های سرطانی پس از کشت در شرایط مناسبتکثیر یافتند و سپس با استفاده از تست تریپان بلو غلظت 100 میکرومولار تاموکسیفن در مدت زمان 48 ساعت به عنوان دوز مناسب انتخاب گردید و سپس گروهی از سلول¬ها به عنوان تیمار و از گروهی دیگر بهعنوان کنترل استفاده شد. از سلول¬های کنترل و تیمارRNA استخراج و برای تهیه ی cDNA مورد استفاده قرارگرفت. cDNA حاصل توسط PCR تکثیر و سپس تغییر بیان ژن CT  1 در نمونه¬ها با روش ریل تایم و با استفاده ازپرایمرهای اختصاصی ژن، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج ریل تایم کاهش بیان ژن CT  1 تحت تیمار با 100 میکرومولار داروی تاموکسیفنرا نشان داد.

  کربونیک انیدراز ها متالوآنزیم های شناخته شده ای هستند که هیدراسیون برگشت پذیر دی اکسیدکربن به بی کربنات و پروتون را کاتالیز می کنند. خصوصیات فیزیکی و شیمیایی ترکیبات فنولی، این مولکول ها را قادر به برقراری میانکنش با طیف گسترده ای از اهداف مانند کربونیک انیدراز ها ساخته است. در این مطالعه مهار دو ایزوزیم انسانی کربونیک انیدراز ) CAII و CAIX( توسط یک سری از ترکیبات فنولی و در حضور پارا نیتروفنیل استات به عنوان سوبسترا طی سنجش فعالیت استرازی آنزیم، مورد مطالعه قرار گرفت. مقادیر IC50 کوئرستین )Q( و مشتق سولفونامیدی آن)QD( به ترتیب برابر با 15/99 و5/13 برای کربوبنیک انیدراز II ، 54/45 و 28/52 برای کربونیک انیدراز IX به دست آمد. این ترکیبات لیگاند، قادر به خاموشی نشر فلوئورسانس آنزیم کربونیک انیدراز II به روش دینامیک هستند. در مجموع، اتصال این ترکیبات فنولی به جایگاه فعال CAII همراه با مهار رقابتی آنزیم بود و به طور کلی، مهارکننده های قوی تری برای CAII در مقایسه با CIX بودند.

سرطان پانکراس با تصاحب سهم 2/7 درصدی از همه مرگ و میرهای ناشی از سرطان در رتبه چهارم کشنده ترین سرطانها در سال 2018 قرار داشته است. مبتلایان به سرطان پانکراس کمتر از پنج سال پس از تشخیص اولیه زنده می­مانند و این موضوع علاوه بر پیشرفت تهاجمی و سریع این بیماری، به مقاومت دارویی بالا در این بیماران مربوط می‌شود. بدلیل مقاومت دارویی این نوع سرطان نیاز به طراحی داروهای جدید برای مهار و کنترل آن به شدت احساس می­شود. طراحی پپتیدهای جدید با روش تقلید زیستی که با تقلید رفتاری مبتنی بر شباهت ساختاری با پپتیدهای زیستی، توانایی بالقوه ی برهم زدن میانکنش­های پروتئین-پروتئین طبیعی را داشته و بنابراین بتوانند بعنوان کاندیدهای دارویی مناسب برای مهار فرایندهای بیماری زا از جمله انواع سرطان مورد آزمایش قرار بگیرند، در سالیان اخیر اهمیت ویژه­ای در عرصه­ی بیوشیمی بالینی یافته است. یکی از مسیرهای پیام دهی درگیر در این سرطان مسیر پیام دهی Wnt و یکی از کمپلکس­های هدف به‌ منظور مهار در این سرطان، کمپلکس LRH-1/?-catenin است. بیان بیش از حد فاکتور رونویسی LRH-1 که لیگاند طبیعی پروتئین بتاکاتنین می­باشد باعث افزایش تقسیم و تمایز سلولی و در نتیجه تشکیل تومورهای سرطانی می­شود. بنابراین وجود یک مهارکننده­ی پپتیدی که به بخش میانکنش­کننده ی پروتئین LRH-1 شباهت ساختاری داشته باشد، درصورت توانایی ایجاد میانکنش پایدار با بتاکاتنین می­تواند مسیر سلولی منجر به سرطان را مهار کند. در این پژوهش پایداری میانکنش دو پپتید طراحی شده به روش تقلید پپتیدی در کمپلکس با پروتئین بتاکاتنین با استفاده از روش نمونه برداری چتری بررسی شد. برای این منظور 2 کاندید پپتیدی نهایی که با فرایند غربالگری مجازی بدست آمده بودند انتخاب شده و میانکنش این پپتیدها و نیز یک پپتید با توالی بهم ریخته به عنوان پپتید شاهد با پروتئین بتاکاتنین شبیه سازی شد. نمودارهای پتانسیل نیروی میانگین میانکنش در راستای محور واکنشی نشان داد که یکی از این پپتیدها پیوند محکمی با بتاکاتنین تشکیل ­می­دهد و می­تواند به عنوان یک کاندید دارویی مناسب برای مهار میانکنش LRH-1/?-catenin مطرح شود. در انتها محاسبات RMSD، RMSF، شعاع چرخشی و پیوندهای هیدروژنی انجام شد که همگی نتایج حاصل از شبیه سازی را تایید می­نمودند.کلمات کلیدی: سرطان پانکراس ، مسیر پیام دهی Wnt ،کمپلکس LRH-1/?-catenin ، نمونه برداری چتری ، مهارکننده­ی پپتیدی

بیماری پارکینسون یک بیماری آسیب نورونی است که عوامل ژنتیکی و محیطی در بروز این بیماری نقش دارند. miRNAها توالی­های ریبونوکلئوتیدی هستند که بیان برخی از ژن ها را در سطح پس از رونویسی کنترل می کنند. در بیماری پارکینسون miRNA ها با هدف قرار دادن ژن های مسیرهای مختلف درگیر در بیماری در روند بهبودی و یا پیشروی این بیماری موثر هستند. هدف از این مطالعه، پیش­بینی ژن­های هدف hsa-miR-361-5p و اعتبار سنجی برهمکنش میان ژن پیش بینی شده­ی مطلوب و hsa-miR-361-5p ­می­باشد. با توجه به مطالعات گذشته hsa-miR-361-5p الگوی بیان کاهشی در خون بیماران مبتلا به بیماری­های آسیب نورونی و به دنبال آن، در مدل سلولی این بیماری­ها دارد. پس از انتخاب miRNA، جهت انجام این بررسی، با استفاده از پایگاه­های داده­ی بیوانفورماتیکی معتبر ازجمله Targetscan، mirwalk، ژن­هایی که در بیماری پارکینسون نقش داشته و   رونوشت آن­ها مورد هدف hsa-miR-361-5p قرار می‌گیرند، پیش­بینی و شناسایی شدند. سپس یکی از این mRNA­ها که دارای الگوی بیانی مخالف نسبت به hsa-miR-361-5p نیز بود به عنوان ژن مطلوب برای بررسی انتخاب شد. در آخر اتصال و برهم‌کنش این miRNA­ با 3?UTR ژن هدف انتخابی که بیانگر نقش مهاری miRNA­   بر روی   بیان ژن بود در رده سلولی HEK293T با استفاده از تکنیک سنجش ژن گزارشگر لوسیفراز سنجش گردید. واژگان کلیدی:   hsa-miR-361-5p، ژن HMOX1، رده سلول HEK293T، اعتبار سنجی

آجیلوبس تائوشی، بیش انباشتگر، مس،

  چکیدهبیماری های عصبی از جمله تومورمغزی از علل شایع مرگ و میر هستند. داروهای تولید شده در این زمینه رو به افزایشاست ، اما به دلیل ساختار ویژه سد خونی- مغزی، انتقال دارو به مغز با مشکل مواجهاست و یکی از مهم ترین چالش های پیش روی درمان بیماری های سیستم عصبی مرکزی است.علی رغم تحقیقات مختلفی که در زمینه انتقال دارو به مغز صورت گرفته ولی هنوز روشیکه به طور مطلوب و بدون عوارض جانبی و با هزینه کمتر بر این مشکل غلبه کند ،شناخته نشده است ، در این میان شناسایی ترکیبی که بتواند بدون تخریب سدخونی مغزیو   با مهار موقت و برگشت پذیر ABCtra  oter   های سدخونی مغزی موجبافزایش تجمع درون سلولی دارو در بافت های مغزی شود و یا ترکیبی که بتواند با سست کردنجزئی   پروتئین های دخیل در اتصالات محکم به صورت موقت به انتشارپاراسلولی دارو به مغز کمک کند می تواند باعث تسهیل انتقال دارو به مغز شود. دراین راستا مطالعات درون رایانه ای با توجه به اینکه می تواند مسیر رسیدن به هدف راهموار سازد و از بین ترکیبات مختلف بهترین ترکیب را جهت مطالعات تجربی معرفی کردهو میزان آزمون و خطاهای آزمایشات تجربی را به حداقل برساند ، بسیار سودمند است. در این مطالعه اتصالفیتوکانابینوئیدها و شبکه پروتئینی سدخونی- مغزی که انتقال دارو به مغز را بامحدودیت مواجه می کنند با استفاده از روش داکینگ مولکولی مورد بررسی قرار خواهدگرفت.

در این تحقیق، برهم‌کنش رزورسینول، رزوراترول و مشتقات سولفونامیدی آنها با آنزیم کربنیک انیدرازII   انسانی با استفاده از تکنیک‌های فلوئورسانس، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و داکینگ مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. داده‌های فلوئورسانس در سه دما نشان داد که رزوراترول و مشتق سولفونامیدی آن باعث خاموش شدن نشر ذاتی آنزیم از طریق مکانیسم استاتیک می‌شوند. در مقابل، رزورسینول و مشتق سولفونامیدی آن باعث افزایش فلوئورسانس ذاتی آنزیم با مکانیسم استاتیک می‌شوند. آنالیز ترمودینامیکی داده‌های خاموش‌کنندگی فلوئورسانس نشان داد که پیوندهای هیدروژنی و برهمکنش‌های واندروالس نقش اصلی را در برهمکنش‌های مهارکننده‌ها به hCA II بازی می‌کنند. بر اساس داده‌های محاسباتی به دست آمده از مطالعات شبیه سازی دینامیک مولکولی و داکینگ مولکولی، پیوند هیدروژنی نیروی اصلی درگیر در برهمکنش بین مهارکننده‌ها و hCA II می‌باشد. علاوه‌براین، براساس مقادیر انرژی اتصال، مشتقات سولفونامیدی در مقایسه با رزوراترول و رزورسینول، قوی‌تر به آنزیم متصل می‌شوند. بر اساس داده های IC50، مشتقات سولفونامیدی نسبت به ترکیبات اصلی اثر مهاری قوی‌تری دارند.